• теоретическая информатика;
• интегрированные информационно-управляющие системы;
• системный анализ;
• искусственный интеллект;
• мультиагентные системы;
• компьютерная лингвистика;
• робототехника и мехатроника;
• виртуальные системы и среды;
• бионаноробототехника;
• информатизация и автоматизация региональных систем и процессов;
• безопасность информационных технологий;
• геоинформационные системы;
• математическое моделирование сложных систем и процессов;
• информационные оптические системы на основе микро- и нанокапилярных структур;
• материалы для микро- и наноэлектроники;
• устойчивое и опережающее развитие социо-эколого-экономических систем;
• экономика инновационного процесса.

Кадровый потенциал института составляют 89 научных работников в том числе 56 научных сотрудников, из них 14 докторов наук и 33 кандидатов наук.